В мире порой случаются реальные катастрофы — природные катаклизмы и спровоцированные человеком чрезвычайные ситуации, получившие название техногенных, от которых Гражданская оборона должна защитить людей.

Авария на Чернобыльской АЭС, разрушительное землетрясение в Армении, выброс аммиака из хранилища газа в Латвии, катастрофа пассажирских составов под Уфой из-за взрыва скопившегося в низине горючего газа подтвердили необходимость расширения направлений научных исследований, разработки нормативной и методической базы, направленной на обеспечение безопасности населения от техногенных катастроф, стихийных бедствий, угроз военного времени. Вот тогда, в 1990-х к названию ВНИИ гражданской обороны (ГО) добавилось и словосочетание «чрезвычайных ситуаций» (ЧС).

С этого этапа усилия научного коллектива института направлены на решение вопросов ведения гражданской обороны в новых условиях.

Этап завершился переходом института из системы Министерства обороны СССР в систему ГКЧС-МЧС России.